Od 1675 r. posiadaczem wsi kapitulnej Witkowice był kanonik Jan Chryzostom Bodzenta (Bodzanta) herbu Szeliga (1615-1678). W Witkowicach gospodarował tylko trzy lata. Zmarł bowiem 2 kwietnia 1678 r. i pochowany został w kościele kamedułów na Bielanach, gdzie ma skromną tablicę nagrobną. Zasłużył na to jako dobrodziej eremu kamedulskiego, któremu ofiarował im swoją bibliotekę. Majątek witkowicki traktował nie tylko jako źródło dochodu. Dbał o odbudowe podupadłych obiektów gospodarczych, a na terenie parku dworskiego ufundował kaplicę, która – przechodząc różne koleje losu – przetrwała do dziś.

Była to wolno stojąca, niewielka, ośmiokątna budowla w stylu barokowym, z wejściem ozdobionym kamiennym portalem, nakryta być może kopułą. Wewnątrz, pod czterema półkolistymi oknami znajdowały się i znajdują do dziś nisze ścienne przeznaczone na posągi świętych, a na rogach – cztery pilastry ozdobione korynckimi kapitelami. Kaplicę poświęcono pod wezwaniem św. Marii Magdaleny. Kanonik Bodzenta zadbał też osobiście, bądź pozostawiając odpowiednie zlecenia w swoim testamencie, by kaplica została odpowiednio wyposażona w meble, szaty i naczynia liturgiczne, by w niszach ustawić figury czterech ewangelistów a w ołtarzu drewniany wizerunek św. Marii Magdaleny. Jedyne, co zachowało się z tego pierwotnego wyposażenia, to srebrny pozłacany kielich mszalny z wygrawerowanym herbem Szeliga i napisem łacińskim brzmiącym w tłumaczeniu: Z zapisu śp. Jana Chryzostoma Bodzenty kanonika krakowskiego. Na użytek kaplicy w Witkowicach.
Wykonawcy testamentu fundatora umieścili w kaplicy tablicę upamiętniającą jej zbudowanie. Na tablicy tej, znajdującej się dziś na zewnętrznej stronie ściany wschodniej, wyryto herb Szeliga i napis łaciński o następującej treści (w tłumaczeniu na język polski):
Bogu Wszechmocnemu, Najwyższemu.
Najdostojniejszy i przewielebny pan Jan Chryzostom z Kruszowa Bodzenta, kanonik gnieźnieński i krakowski oraz przez lat osiemnaście bardzo zasłużony prokurator czcigodnej kapituły krakowskiej, kaplicę tę, jako trwały pomnik swojej pobożności, własnym nakładem wzniósł od podstaw, ozdobił i wyposażył w sprzęt liturgiczny oraz obdarował rocznym czynszem dla kapelana. Na pamiątkę tego wykonawcy testamentu: najdostojniejsi i przewielebni panowie Andrzej Pągowski, archidiakon i Stanisław Rozrażewski, kustosz krakowski kamień ten położyli. Zmarł 2 kwietnia roku Pańskiego 1678.
W XVIII w. kaplica, utrzymywana z zapisu testamentowego fundatora, funkcjonowała jako dworska (tzn. na użytek mieszkańców dworu), ale w święto patronki (22 lipca) odprawiano uroczyste nabożeństwa „przy bardzo licznym zgromadzeniu ludu”. Po rozbiorach, gdy kanonicy najczęściej puszczali majątek w Witkowicach w dzierżawę, o kaplicę przestano dbać należycie. Już od początku XIX w. nie była odnawiana i coraz bardziej niszczała, a pod koniec tego stulecia popadła w kompletną ruinę. Fotografia wykonana przez konserwatora zabytków w ostatnich latach XIX w. pokazuje stojące nagie mury, bez żadnego nakrycia, porosłe chwastami. Ratunek przyszedł, podobnie jak poprzednio fundacja, ze strony jednego z kanoników. Był nim ks. Jozafat Sobierajski (1841-1916), znany krakowski teolog, katecheta i opiekun sióstr felicjanek. Jako kanonik katedralny otrzymał on w posiadanie majątek kapitulny w Witkowicach w 1900 r. i natychmiast przystąpił do odrestaurowania kaplicy na własny koszt. Bardzo szybko odnowiono mury, położono belkowany strop i dach typu „namiotowego”, kryty blachą cynkową, a na szczycie wystawiono wieżyczkę z krzyżem i sygnaturką. Już w pierwszej połowie 1901 r. krakowska kuria biskupia wyraziła ks. Sobierajskiemu z tego powodu „wdzięczność i uznanie” i po zbadaniu sprawy na miejscu zezwoliła na uznanie kaplicy za publiczną, tzn. dostępną dla ogółu wiernych. 10 czerwca 1901 r. biskup krakowski, kardynał Jan Puzyna wydał indult zezwalający na odprawianie w kaplicy mszy świętej, a 22 czerwca uroczyście poświęcono kaplicę, która zachowując swe dawne wezwanie św. Marii Magdaleny, służyć teraz mogła mieszkańcom Witkowic i Górki Narodowej. Ks. Sobierajski zadbał też o wyposażenie wnętrza. Sprowadził z Rzymu kopię cudownego wizerunku Matki Bożej Nieustającej Pomocy, wykonaną w Rzymie i poświęconą przez papieża Leona XIII.
W pracowni stolarsko-rzeźbiarskiej w Poroninie zamówił ołtarz z drzewa sosnowego, wykonany według projektu znanego architekta Edgara Kovatsa (późniejszego profesora i rektora Politechniki Lwowskiej). W ołtarzu tym umieszczono przywieziony z Rzymu obraz oraz jako jego zasłonę obraz św. Marii Magdaleny. W podokiennych niszach kaplicy znalazły się cztery malowane figury: Najśw. Serca Jezusa, NMP z Lourdes, św. Józefa i św. Antoniego.
Odtąd kaplica, należąca do parafii w Zielonkach, stała się miejscem regularnej działalności duszpasterskiej księży parafialnych, jakkolwiek sprawowano tu liturgię tylko w niektóre niedziele i święta oraz przy szczególnych okazjach. Ważną rolę odegrała na początku pierwszej wojny światowej, kiedy to nadgraniczne wsi, w tym Zielonki, zostały ewakuowane i zajęte przez wojsko. Tamtejszemu proboszczowi, mieszkającemu z konieczności w Krakowie, kaplica witkowicka zastępowała teraz kościół parafialny.
Budynek kaplicy nie doznał poważniejszych szkód w czasie katastrofalnego wybuchu prochowni w 1927 r. i nadal pełnił funkcję pomocniczą w granicach parafii Zielonki. W 1996 r. kaplica została wpisana do rejestru zabytków. W miarę przybywania miejscowej ludności nie mogła teraz pomieścić wiernych, mimo że wzniesiono przylegającą do niej drewnianą przybudówkę z maleńka zakrystią. Gdy zaś na Boże Narodzenie 2000 r. utworzona została w Witkowicach osobna parafia, zabytkowa kaplica św. Marii Magdaleny stała się kościołem parafialnym, teraz już stanowczo zbyt ciasnym dla nowej wspólnoty wiernych. Dlatego też podjęto budowę nowego kościoła. Przygotowany projekt architektoniczny przewidywał włączenie zabytkowej kaplicy do głównego korpusu świątyni. Tak się też stało i XVII-wieczna ośmiokątna budowla, dotąd wolno stojąca, stała się niejako boczną kaplicą kościoła w początku XXI w. Zachowała przy tym swój dawny kształt i wystrój wnętrza. Tym bardziej, jako cenny zabytek, zasługuje na opiekę. W 2001 r. profesjonalna pracownia konserwatorska dokonała odnowienia drewnianego ołtarza kaplicy, a w 2008 r. odrestaurowano jej strop, dach i niektóre detale architektoniczne, między innymi barokowy portal.