Parafia św. Marii Magdaleny obejmuje obszar dwóch dawnych wsi podkrakowskich: Witkowic i Górki Narodowej.

Na tych terenach już w bardzo odległych czasach istniały osady ludzkie. Pozostały po nich ślady wydobyte przez archeologów między innymi na sąsiednich wzgórzach i na polach nad Białuchą, gdzie odkryto pozostałości po wytwórni ozdób z brązu funkcjonującej w I-II wieku po Chr.

W wiekach VIII-IX, czyli w tzw. okresie plemiennym historii Polski, zaczęło się tu intensywne osadnictwo. Pierwsza wiadomość o wsi Witkowice pochodzi z pierwszej połowy XIII w. Zachowały się mianowicie zapiski o zmarłym w 1248 r. prepozycie (proboszczu) krakowskim imieniem Wit, który zapisał kanonikom katedralnym część wsi Prądnik, nazwaną od jego imienia (w zdrobnieniu Witek) Witkowicami. Górka (nie nazywana wtedy jeszcze Narodową) występuje w dokumentach po raz pierwszy dużo później: w 1398 r., a w 1462 wspomina się o niej jako należącej do wawelskiej kapituły katedralnej. Obie wsie były zatem, od początku swego istnienia, wsiami kościelnymi. Przydzielane przez kapitułę poszczególnym kanonikom przynosiły im dochód stanowiący wynagrodzenie za pełnione obowiązki. Dochód ten pochodził od chłopów poddanych, którzy za użytkowanie swoich gospodarstw opłacali odpowiedni czynsz, nie licząc innych powinności w naturze i usługach. W miarę upływu czasu w całej Polsce sytuacja poddanych zmieniała się na gorsze. Już pod koniec XV wieku i Witkowicach, i w Górce wprowadzano obowiązek darmowej pracy przez chłopów poddanych w gospodarstwie użytkowanym bezpośrednio przez kanoników, czyli odrabianie tzw. pańszczyny na folwarku pańskim.

Kanonicy mieszkali stale w Krakowie. Posiadłościami swymi kierowali przez zarządców. Utrzymywali tu natomiast dworki służące za rezydencje podmiejskie. Dwór w Witkowicach leżał na wzniesieniu, w ogrodzie urządzonym w XVI w. według ówczesnej mody w stylu włoskim. Roztaczał się stąd widok na Kraków i na dalekie Tatry.
Przy wjeździe na teren dworu wzniesiono, zachowaną do dziś, kapliczkę przydrożną z wyobrażeniami atrybutów Męki Pańskiej i wyrytą datą powstania: 1632. Wtedy to, w pierwszej połowie XVII w. wsie dobrze się rozwijały, zabudowania dworskie utrzymano w dobrym stanie. Kanonicy przyjmowali tu znakomitych gości.

Po najeździe szwedzkim w 1655 r. i walkach wewnętrznych kraj został zrujnowany i wyludniony. Odbiło się to także na sytuacji wsi podkrakowskich. W Witkowicach i Górce gospodarstwa chłopskie podupadały obciążane coraz większymi powinnościami. Chłopi posiadający największe gospodarstwa („kmiecie”) musieli już odrabiać cztery dni pańszczyzny w tygodniu. Coraz więcej było mieszkańców uboższych: zagrodników, chałupników i komorników (ci ostatni nie mieli nawet własnego domu i mieszkali u bogatszych gospodarzy). W gorszym stanie utrzymywało się także gospodarstwo folwarczne kanoników. Mimo to właśnie wtedy: w latach 1675-1676 kanonik posiadający wówczas Witkowice, ks. Jan Chryzostom Bodzenta, zbudował na terenie ogrodu dworskiego i wyposażył piękną kaplicę w stylu barokowym (na rzucie ośmiokąta), pod wezwaniem św. Marii Magdaleny.
Zostało to upamiętnione tablicą znajdującą się dziś na zewnętrznej ścianie kaplicy, z zatartym już nieco napisem łacińskim.

Nowy najazd szwedzki na początku XVIII w., następnie zaś przemarsze obcych wojsk i wojny wewnętrzne spowodowały dalsze zniszczenia. W 1796 r. Witkowice i Górka po trzecim rozbiorze Polski przeszły pod panowanie Austrii. Władze zaborcze wprowadzały nowe porządki. Położenie chłopów poddanych zostało nieco złagodzone. Majątki kanoników katedralnych okrojono. Witkowice pozostały własnością kapituły, natomiast Górka została przejęta na własność państwa i sprzedana prywatnym właścicielom jako „dzierżawa wieczysta”.

Po kilkunastoletnich rządach austriackich (1796-1809) i kilkuletniej przynależności wraz z Krakowem do Księstwa Warszawskiego (1809-1815) Górka i Witkowice znalazły się w nowo utworzonym państewku pod nazwą Wolne Miasto Kraków. W ciągu 30 lat jego istnienia, mimo różnych klęsk żywiołowych (jak epidemia cholery w 1831 r.), żyło się tu spokojnie i względnie dostatnio. We wszystkich wsiach kościelnych, a więc i w Witkowicach, oraz w państwowych (wtedy mówiono: narodowych), do których zaliczano też Górkę, przeprowadzono „oczynszowanie włościan”. Oznaczało to zamianę uciążliwej pańszczyzny na czynsz płacony w pieniądzu i było znacznym udogodnieniem dla gospodarstw chłopskich. W tym czasie Górkę, w odróżnieniu od innych wsi o tej nazwie, zaczęto nazywać Górką Narodową, a płynącą z Doliny Ojcowskiej rzekę Prądnik, od miejsca, gdzie przekraczała granicę państwową między Wolnym Miastem Krakowem a zaborem rosyjskim – Białuchą.

Po kilkudniowym, kompletnie nieudanym powstaniu krakowskim w 1846 r. teren Wolnego Miasta Krakowa wcielony został znowu do Austrii, do jej prowincji nazwanej Galicją, ze stolicą we Lwowie. W 1848 r. uchwalono przeprowadzenie w Galicji uwłaszczenia gospodarstw chłopskich. W ciągu najbliższych lat także w Witkowicach i Górce Narodowej chłopi otrzymali na własność swoje gospodarstwa, ustały ich wszelkie obowiązki wobec „pana” (opłata czynszu) oraz zależność poddańcza. Stawali się też pełnoprawnymi obywatelami, gdyż po zmianach ustrojowych w państwie w 1867 r. Galicja uzyskała autonomię, a na wsiach funkcjonował samorząd terytorialny (zarządy gmin pochodzące z wyborów). Następowały też zmiany cywilizacyjne. Po wprowadzeniu w Galicji przymusu szkolnego, w 1882 została utworzona w Witkowicach jednoklasowa szkoła ludowa dla dzieci z obu wsi, która w 1890 r. uzyskała własny budynek.

Majątek ziemski w Górce Narodowej zmieniał często swoich właścicieli. W latach 1838-1845 należał do wybitnego historyka i prawnika, profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego Antoniego Zygmunta Helcla, który na miejscu dawnego dworu kanoników zbudował piętrowy pałacyk, położony w pięknie urządzonym parku. Po kolejnych zmianach właścicieli majątek w Górce Narodowej przeszedł w 1906 r. na własność Konstantego Buszczyńskiego, który na terenie ówczesnego Podola rosyjskiego (dziś Ukraina), prowadził doskonale prosperujące przedsiębiorstwo hodowli nasion buraka cukrowego. Filię tego przedsiębiorstwa urządził teraz w Górce Narodowej obejmując też pola uprawne dzierżawione od kapituły w Witkowicach. W ten sposób Górka Narodowa stała się ważnym, szeroko znanym ośrodkiem nasiennictwa.

W zakresie organizacji kościelnej Witkowice i Górka Narodowa należały od początku do bardzo starej, bo utworzonej już w XIII w., parafii w Zielonkach. Coraz liczniejsi teraz mieszkańcy chcieli mieć u siebie choćby niewielki kościółek. Tymczasem kaplica dworska, o którą nie dbali dzierżawcy majątku w Witkowicach, popadła w ruinę. W ostatnich latach XIX w. stały już tylko jej gołe mury, bez dachu, zarosłe zielskiem. Dopiero gdy kanonik Jozafat Sobierajski (1841-1916), znany krakowski katecheta i opiekun sióstr felicjanek, objął w posiadanie Witkowice, własnym kosztem odbudował w 1900 r. kaplicę św. Marii Magdaleny, urządził ją na nowo i wyposażył w sprowadzoną z Rzymu, poświęconą przez papieża kopię obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy (jest to bodaj pierwsza w Krakowie kopia tego obrazu, starsza od znajdującej się w kościele oo. Redemptorystów na Podgórzu). Kaplicę poświęcono w 1901 r. jako publiczną (tzn. dostępną dla ogółu wiernych), w której księża z Zielonek mogli odtąd odprawiać nabożeństwa i prowadzić działalność duszpasterską.

Od 1846 r. Kraków leżał na krańcach cesarstwa austriackiego, nad samą granicą rosyjską. Witkowice były od niej oddalone zaledwie o kilka kilometrów. Z tego powodu Austriacy zamienili Kraków na twierdzę i otoczyli wieńcem fortów. Witkowice znalazły się w ich obrębie a na krańcach samej wsi, przy drodze do Zielonek, urządzono magazyn materiałów wybuchowych i amunicji, tzw. prochownię. Gdy latem 1914 r. wybuchła pierwsza wojna światowa, front austriacko-rosyjski znalazł się w pobliżu. Na szczęście dla Witkowic Rosjanie nie zaatakowali od północy, wojska ich zbliżyły się do Krakowa od wschodu i zostały odparte. Nie doszło do oblężenia miasta, ale wsie przygraniczne (Zielonki, Bibice) zostały zniszczone dla oczyszczenia przedpola. Witkowice ucierpiały tylko pośrednio.

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r. i po reorganizacjach administracyjnych Witkowice razem z Górką Narodową tworzyły gromadę należącą do gminy zbiorowej w Zielonkach. Kiedy zaś utworzono w 1924 r. parafię pod wezwaniem Dobrego Pasterza w Prądniku Czerwonym, włączono do niej Górkę Narodową. Obie wsie korzystały coraz bardziej z bliskości miasta, zwłaszcza gdy poprawiły się połączenia komunikacyjne (tramwaj dochodzący do Nowego Kleparza, potem autobus do samych Witkowic). We wschodniej części Górki Narodowej, zwanej Nową Górką, zaczęło powstawać w latach 30. XX w. osiedle podmiejskich domów przy nowo wytyczonych ulicach. Zaczęto tez wprowadzanie oświetlenia elektrycznego.

Ważnym wydarzeniem w dziejach Witkowic stało się przeniesienie w 1919 r. do dawnych baraków wojskowych zakładu leczniczo-wychowawczego dla dzieci chorych na jaglicę – zakaźną chorobę oczu, która szerzyła się w czasie pierwszej wojny światowej. Zakład ten założony został przez Książęco-Biskupi Komitet Pomocy dla Dotkniętych Klęską Wojny (w skrócie: KBK), na czele którego stał biskup krakowski Adam Stefan Sapieha. Zakład znakomicie się rozwijał niosąc pomoc setkom chorych dzieci z całej Polski. Po rozwiązaniu KBK przeszedł na własność Uniwersytetu Jagiellońskiego stanowiąc agendę katedry okulistyki. Pieczę nad zakładem sprawował z wielkim oddaniem, przez cały okres międzywojenny, prof. Emil Godlewski, opiekę duchową – księża misjonarze z Kleparza (pierwszym kapelanem był późniejszy biskup sandomierski Jan Lorek).

W 1927 r. zdarzyło się wielkie nieszczęście. W niedzielę Zielonych Świąt, 5 czerwca nastąpiła eksplozja materiałów wybuchowych w witkowickiej prochowni. Wybuch był tak silny, że w śródmieściu Krakowa powylatywały szyby z okien, zostały mniej lub bardziej zniszczone niemal wszystkie domy w Witkowicach i Górce Narodowej, leżące zaś w bezpośrednim sąsiedztwie baraki zakładu przeciwjagliczego – zupełnie zniesione. Zginął na miejscu żołnierz strzegący prochowni, drugi zaś poważnie ranny. Wszystkie chore dzieci z zakładu przeciwjagliczego trzeba było ewakuować do Krakowa, wiele z nich doznało poważnych obrażeń, ale żadne nie straciło życia, co przypisywano cudownej opiece Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej, której gipsowa figura, znajdująca się w prowizorycznej kaplicy zakładowej, wyszła bez szwanku z wybuchu (dziś znajduje się w głównym ołtarzu kaplicy szpitalnej). Dzięki energicznemu działaniu władz państwowych odbudowa wsi przebiegła bardzo szybko. Zakład przeciwjagliczy wzniesiono na nowo wg projektu znanego architekta krakowskiego, Wacława Krzyżanowskiego. Do eleganckich parterowych pawilonów w otoczeniu parkowym już w grudniu1927 r. mogli powrócić mali pacjenci. Nieco później, w tym samym stylu zbudowano na wzniesieniu kaplicę pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP.

We wrześniu 1939 r. Polskę zaatakowały wojska niemieckie. 6 września w Krakowie i okolicy zaczęła się okupacja hitlerowska. Na terenie Witkowic i Górki Narodowej przebiegała ona stosunkowo spokojnie poza niedostatkiem żywności i innych artykułów pierwszej potrzeby, dotykającym zwłaszcza te rodziny, które nie posiadały gospodarstw rolnych. Przedsiębiorstwo Buszczyńskich działało nadal dając pracę miejscowym. Udało się utrzymać, choć pod zarządem niemieckim, zakład przeciwjagliczy, obsługiwany nadal przez polski personel i polskich kapelanów. Nowy niemiecki dyrektor, Paul Starke okazał się porządnym człowiekiem, dbającym o chore dzieci i skutecznie broniącym istnienia zakładu. Tragiczny los spotkał natomiast Żydów. Kilka miejscowych rodzin żydowskich oraz wiele innych, które napłynęły w pierwszy roku wojny po wypędzeniu z Krakowa, zostało w 1941 r. przesiedlonych do getta na Podgórzu. Prawie wszyscy zostali wymordowani.

Z dniem 1 czerwca 1941 r., na mocy zarządzenia władz niemieckich, w granice administracyjne Krakowa włączono 31 wsi podmiejskich, które w dużej mierze zachowywały jeszcze charakter rolniczy. Należały do nich także Witkowice i Górka Narodowa. Stały się teraz formalnie nowymi, tzw. dzielnicami katastralnymi Krakowa: nr XXXIX (Witkowice) i XL (Górka), a tamtejsza ludność – mieszkańcami miasta.

18 stycznia 1945 r. Armia Czerwona zajęła Kraków. Poprzedniej nocy bez większych walk Niemcy zostali wyparci z Witkowic i Górki Narodowej. Na oswobodzonych od okupantów hitlerowskich terenach władzę obejmował, uformowany w Lublinie z nadania Związku Sowieckiego, Rząd Tymczasowy. Mimo że wszystkie zarządzenia władz hitlerowskich zostały uznane na nieważne, po dłuższej dyskusji zostało zaakceptowane włączenie do Krakowa gmin podmiejskich. Dawało to Witkowicom i Górce możliwość dalszego rozwoju w ramach organizmu wielkomiejskiejskiego, korzystanie z miejskiej gospodarki komunalnej: sieci komunikacyjnej, energetycznej itd.

W rozpoczynającym się okresie tzw. Polski Ludowej w dwu nowych dzielnicach Krakowa następowały przemiany polityczne i gospodarczo-społeczne jak w całej Polsce. Po likwidacji samorządu terytorialnego i po wprowadzeniu nowego podziału administracyjnego miasta, Witkowice i Górka znalazły się najpierw (w 1954 r.) w dzielnicy Kleparz, a po nowym podziale (w 1973 r.) – w dzielnicy Krowodrza. Nie zlokalizowano tu wielkiego przemysłu. Resztki niewielkich gospodarstw rolnych pozostały do dziś. W czasie przeprowadzania w 1945 r. reformy rolnej pozostawiono przedsiębiorstwo nasiennicze Buszczyńskich jako ważne ze względów gospodarczych. Funkcjonowało ono przez pewien czas pod dawną nazwą, ale „pod zarządem państwowym”, następnie ulegało przekształceniom. Zakład przeciwjagliczy po rozbudowie i licznych przekształceniach stał się Wojewódzkim Szpitalem Okulistycznym.

Rozbudowa Krakowa, w tym powstanie Nowej Huty, spowodowała zacieranie układu przestrzennego dawnych wsi. W wyniku wytyczenia linii kolejowej do Nowej Huty wał kolejowy przeciął ul. Siewną dzieląc Górkę Narodową. W jej południowej części, na pograniczu dawnego Prądnika Białego oraz w części przylegającej do Prądnika Czerwonego wyrosły bloki budownictwa wielkomiejskiego, powstawały nowe osiedla mieszkaniowe. W części północnej Górki oraz w Witkowicach pozostało wiele zieleni: pola uprawne nad wijącą się, nieuregulowaną na tym odcinku Białuchą, zaniedbany nieco kompleks leśny „parku witkowickiego”, dolina Bibiczanki i tereny szpitala okulistycznego oraz bardzo zniszczonego „pałacu” w Górce. Zachowało się wiele jeszcze budownictwa wiejskiego, a reliktem dawnych zwyczajów pozostały urządzane corocznie dożynki. Zanikały natomiast stopniowo, po wchłonięciu przez Kraków, takie organizacje społeczne, jak ochotnicza straż pożarna czy miejscowy klub sportowy.

Po przekształceniach ustrojowych 1989 r. nastąpiły dalsze przemiany. Witkowice i Górka Narodowa po wyborach samorządowych 1990 r. zostały włączone do dzielnicy administracyjnej IV (Prądnik Biały). Wyrastały nowe bloki mieszkaniowe w Górce Narodowej, w Witkowicach nowe budownictwo przybrało postać osiedla domków jednorodzinnych („Witkowice Nowe”). Tradycję i tereny uprawne dawnego przedsiębiorstwa hodowlanego Buszczyńskich przejęła spółka „Małopolska Hodowla Roślin”. Miejscowa szkoła (obecnie szkoła podstawowa nr 68) otrzymała imię Jerzego Bińczyckiego, wybitnego aktora krakowskiego pochodzącego z Witkowic, zmarłego w 1998 r. Szkoła pełni funkcję integrującą mieszkańców Witkowic i Górki Narodowej: tych pochodzących z dawnych miejscowych rodzin, osiadłych tu (jak można sądzić z nazwisk) co najmniej od XVII wieku, jak i napływowych, zajmujących nowe osiedla mieszkaniowe.

Czynnikiem zespalającym ponownie dwie dawne wsie kapitulne jest od niedawna parafia św. Marii Magdaleny, utworzona („erygowana”) przez kardynała Franciszka Macharskiego z dniem 25 grudnia 2000 r. Objęła ona teren dawnych Witkowic z parafii Zielonki i dawnej Górki Narodowej z parafii Dobrego Pasterza. Organizatorem i pierwszym proboszczem parafii został ks. Mieczysław Działek. Za kościół parafialny służyła na razie XVII-wieczna kaplica, mimo drewnianej dobudówki o wiele za ciasna na potrzeby wiernych. Toteż zaraz podjęto starania o budowę nowego kościoła.
Rozpoczęto ją w lipcu 2002 r., a kamień węgielny został poświęcony uroczyście przez kard. Stanisława Dziwisza 17 IV 2006. W wigilię Bożego Narodzenia 2007 r. w prowizorycznie wewnątrz urządzonym kościele odprawiono pierwsza mszę świętą („pasterkę”).